Chùa Phước Tường do thiền sư Linh Quang – Phật chiếu(1736-1788), đời thứ 35 thiền phái Lâm Tế khai sơn. Ngài là đệ tử Hòa thượng Thành Nhạc - Ấn Sơn, pháp tôn của Hòa thượng Nguyên Thiều – Thọ Tông. Chùa Phước Tường Được khai sơn vào năm 1741.
Nhưng theo lời các bô lão thì ngôi chùa bấy giờ ở gần chợ Nhỏ (Tăng Nhơn Phú), cách địa điểm hiện nay khá xa. Sau khi Tổ khai sơn tịch, đệ tử là Tổ Thuận – Đức Ấn kế thế, rồi tiếp tục sư đệ là Tổ Chơn – Phước Quang từ chùa Phước Hưng đến thay. Hòa thượng Phước Quang có 2 đệ tử là Thiền sư Tiên Hiền – Từ Minh (Diệu Minh). Đến năm Giáp Ngọ (1834) đời Minh Mạng, trụ trì đời thứ tư là Từ Minh, dời chùa đến địa điểm hiện nay, tái thiết quy mô. Sau Thiền sư Tiên Hiền, trụ trì chùa Phước Tường là Thiền sư Minh Huệ - Thắng Phước, Như Tần – Phước Huệ, Kiểu Lượng – Tâm Thọ.
Đến đầu thế kỷ thứ XX, trụ trì chùa là Thích Hóa Thông. Đại sư là một tu sĩ có khí chất của một hào kiệt, tham gia phong trào Thiên Địa Hội (1913-1916) nên bị bắt tù đầy, hy sinh. Chùa Phước Tường do không có trụ trì bị suy sụp.
Mãi đến 5, 6 năm sau, bổn đạo mới thỉnh Hòa thượng Thích Pháp Ấn về trụ trì. Hòa thượng Thích Pháp Ấn là đệ tử của Hòa thượng Minh Phương – Chơn Hương ở chùa Linh Nguyên (Đức Hòa) đã trùng tu chùa Phước Tường năm 1930.
Sau khi Hòa thượng Thích Pháp Ấn tịch, đệ tử Hồng Diệp – Bửu Ngọc kế thế ngài đã trùng tu chùa Phước Tường năm 1950, xây dựng một số công trình phụ năm 1990 .
Hòa thượng Thích Pháp Ấn – trụ trì đời thứ 9
Hòa thượng Thích Bửu Ngọc – trụ trì đời thứ 10
